Ačkoli grafitové kelímky mají vlastnosti, jako je vysoká objemová hmotnost, odolnost vůči vysokým teplotám, rychlý přenos tepla, odolnost vůči kyselé a alkalické korozi, vysoká pevnost při vysokých teplotách a vynikající odolnost proti oxidaci, jejich čištění po použití může být problematické, zejména při zpracování určitých surovin.
Prvním krokem při čištění grafitového kelímku je odstranění chemických látek uvnitř a následné čištění. Způsob čištění závisí na typu zbytku zbývajícího v kelímku. Obecně jsou usazeniny na grafitových kelímcích anorganické zbytky spalování, které lze čistit kyselinou chlorovodíkovou, protože většina z nich je rozpustná. Některé zbytky obsahující uhlíkaté složky však nejsou rozpustné v kyselině chlorovodíkové. V takových případech lze k čištění použít kyselinu dusičnou, která má silné oxidační vlastnosti. Zahřívání lze použít i během procesu čištění.
U látek, které se ještě obtížně čistí, je lze vyvařit ve zředěné kyselině chlorovodíkové nebo ve zředěné kyselině dusičné. Pamatujte, že použitá kyselina chlorovodíková nesmí obsahovat oxidační činidla, jako je kyselina dusičná, dusičnany nebo halogeny. Pokud zředěná kyselina dusičná stále nestačí k čištění, lze k čištění použít roztavený pyrosíran draselný, uhličitan sodný nebo borax.
Grafitové kelímky je třeba udržovat v čistotě, přičemž vnitřní i vnější povrchy jsou světlé a lesklé. Po delším zahřívání se může stát, že vnější povrch kelímku zmatní a časem tato matnost pronikne dovnitř, což způsobí, že kelímek zkřehne a praskne. Proto je nutné všechny nečisté látky odstranit. Pokud jsou stále skvrny nebo je povrch matný, jemně povrch přetřete jemným pískem, který prošel sítem 100 mesh a nemá žádné ostré hrany, pomocí vody jako lubrikantu obnovte lesk povrchu.